Le accuse di doping
Il 6 Agosto 2012 viene annunciata la positività dell'atleta all'eritropoietina ricombinante in un controllo antidoping a sorpresa effettuato dall'Agenzia mondiale antidoping il 30 luglio e viene escluso dal CONI dalla squadra della 50 km di marcia dei Giochi olimpici del successivo 11 agosto, mentre il giorno seguente sempre il CONI sospende l'atleta su richiesta del Tribunale Nazionale Antidoping.
Pur avendo accettato parte delle accuse, sosterrà in seguito di essere stato vittima di un complotto nella seconda positività rilevata nel 2016. Dopo anni di battaglie legali, nel 2021, il Tribunale di Bolzano ha archiviato alcune delle accuse di doping nei suoi confronti.
Accuse che non lo portano lontano dallo sport, Schwazer nonostante tutto continua a rimanere legato alla professione, addestrando i giovani podisti e servendo come un esempio di resilienza.